Biskup Kościoła jest duchownym zwierzchnikiem Kościoła. Do niedzielnych wyborów stanęli biskupi Waldemar Pytel i Jerzy Samiec. Członkowie Synodu nie skorzystali z prawa zgłoszenia dodatkowych kandydatów. Ostatecznie biskup Waldemar Pytel otrzymał 28 głosów, a biskup Jerzy Samiec 37 głosów.

Biskup Jerzy Samiec urodził się 27 marca 1963 r. w Cieszynie. W 1988 r. ukończył studia teologiczne w Chrześcijańskiej Akademii Teologicznej w Warszawie. 22 stycznia 1989 r. został ordynowany i rozpoczął pracę jako wikariusz w parafiach w Zabrzu i Gliwicach. W tym drugim mieście w listopadzie 1994 r. został proboszczem. Z kolei 14 kwietnia 2007 r. XII Synod Kościoła wybrał ks. Jerzego Samca prezesem Synodu. Z tego stanowiska zrezygnował po wyborze na biskupa Kościoła ewangelicko-augsburskiego, co nastąpiło 17 października 2009 r. podczas obrad szóstej sesji XII Synodu Kościoła.