Wchodząc do nawy głównej, z tyłu, po prawej stronie znajdziemy dość szczegółowy opis historii Błędowic, parafii i kościoła. Dowiemy się z niego, że w czasie reformacji stary kościół drewniany – nota bene również poświęcony św. Małgorzacie – został przejęty przez ewangelików i w ich posiadaniu został do 1654 roku.

Dzięki staraniom proboszcza Šebastiána Piskořa 13 lipca 1786 roku przystąpiono do budowy nowej, murowanej świątyni. Nad zakończeniem prac czuwał już jednak jego następca ks. Andělín Gerich. Poświęcenie kościoła odbyło się w niedzielę 18 listopada 1792 roku. Główną patronką kościoła została św. Małgorzata, a współpatronem św. Michał Archanioł. W opisie można znaleźć również nazwiska wykonawców i fundatorów budowy – właścicieli dóbr ziemskich w Błędowicach Dolnych, Średnich i Górnych oraz Datyniach i Żywocicach.